Hiện nay vùng ĐBSCL đang đối diện với thực trạng chất lượng nguồn nhân lực chưa theo kịp với sự phát triển kinh tế – xã hội của vùng.
Tỷ lệ lao động được đào tạo chuyên môn kỹ thuật trong cơ cấu nguồn nhân lực của vùng rất thất, chỉ đạt 7,82% vào năm 2008 và đạt 8,57% vào năm 2011. Con số này thấp nhất trong 07 vùng kinh tế của VN và thấp hơn nhiều so với bình quân cả nước (14,31% vào năm 2008 và 15,41% vào năm 2011). Dù đã được cải thiện nhưng nếu so với vùng Đông Nam Bộ thì tỷ lệ lao động được đào tạo chuyên môn kỹ thuật của vùng Đông Nam Bộ gấp xấp xỉ 3 lần so với ĐBSCL .
Lực lượng lao động có trình độ cao đẳng, ĐH của ĐBSCL chỉ chiếm 4,39% trong tổng lực lượng lao động, nhỏ hơn rất nhiều so với trung bình chung của cả nước là 7,90%. Tương tự thì lực lượng lao động được dạy nghề và trung cấp chuyên nghiệp cũng gần bằng phân nữa so với cả nước. Vì vậy, mà ĐBSCL vẫn được xem là vùng trũng giáo dục của VN. Và tỷ lệ này cần được cải thiện hơn nữa trong tương lai. Đặc biệt, ở lĩnh vực nông thôn, tỷ lệ lao động chưa đào tạo hơn 94% cao nhất cả nước và cao hơn trung bình chung cả nước 3,43%, đây là hậu quả của việc người dân không chú trọng đến việc đưa con cái đi học, muốn con ở nhà làm ruộng, cày bừa vì họ cho rằng làm nghề nông không cần phải học. Tỷ lệ lao động có trình độ ĐH trở lên thường tập trung ở thành thị, con số này gấp bốn lần so với nông thôn, vì ở thành thị có điều kiện để phát triển cho bản thân những người có trình độ.
Về đội ngũ cán bộ lãnh đạo ở cấp tỉnh, huyện trong vùng, thì 70% có trình độ ĐH, hai phần ba trong số họ có bằng cử nhân luật, kinh tế chính trị; một phần ba còn lại là cử nhân chuyên ngành kinh tế và kỹ thuật. Phần lớn cán bộ quản lý được đào tạo trong cơ chế cũ, nên một bộ phận không nhỏ còn xa lạ và thiếu hiểu biết về kinh tế thị trường. Kết quả khảo sát thực tế cho thấy, có khoảng 20%-50% cán bộ quản lý nhà nước trong vùng chưa được đào tạo các kỹ năng làm việc trong điều kiện mới và năng lực tổ chức, quản lý còn hạn chế. Nhưng đáng nói hơn, chỉ có 12,6% cán bộ quản lý tự nhận thấy cần bổ sung thêm kiến thức về quản trị kinh doanh và 31,2 có nhu cầu kiến thức quản lý hiện đại [1, Tr 58].
Về đội ngũ quản lý trong các doanh nghiệp của vùng, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ ở nông thôn, mặc dù được đánh giá là nhân tố đóng vai trò quan trọng trong việc thay đổi, cải tiến công nghệ, áp dụng tri thức vào nơi sản xuất, kinh doanh và quản lý, thế nhưng một tỷ lệ khá lớn trong số họ lại có trình độ học vấn thấp và đáng lo ngại hơn là hầu hết đều thiếu những kiến thức về quản trị doanh nghiệp. Theo kết quả điều tra, chỉ có 30% số chủ doanh nghiệp ở nông thôn đã qua đào tạo kiến thức về quản trị kinh doanh, 25% hiểu biết về luật doanh nghiệp, 44% hiểu biết về luật thuế, 25% hiểu biết về luật lao động, 8% hiểu biết về luật đầu tư dẫn đến chất lượng và hiệu quả quản lý doanh nghiệp của các chủ doanh nghiệp ở nông thôn ĐBSCL rất
Thực trạng trên phản ánh nguồn nhân lực ĐBSCL hiện còn nặng về lao động giản đơn, ít được đào tạo và mất cân đối trong cơ cấu và không hợp lý trong phân bố. Đây là sự lãng phí rất lớn nguồn nhân lực và là tồn tại rõ nét nhất của nguồn nhân lực ĐBSCL.